突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV

作为《乱马1/2》的续作，这部作品引入了新角色、新战斗招式，并包含大量武术动作场面。

《新世纪福音战士》新作短篇动画 制作决定。庵野秀明担任企划?脚本?总监修，浅野直之担任导演，鹤卷和哉、樋口真嗣、轰木一骑负责监修。